Struktur Organisasi Pemerintah Desa Sebatu terdiri dari seorang Perbekel sebagai kepala wilayah Desa yang dibantu oleh 9 orang kelihan Banjar Dinas sebagai kepala wilayah Banjar yaitu:

• Kelian Banjar Dinas Apuh
• Kelian Banjar Dinas Tegalsuci
• Kelian Banjar Dinas Jasan
• Kelian Banjar Dinas Jati
• Kelian Banjar Dinas Bonjaka
• Kelian Banjar Dinas Pujung Kaja
• Kelian Banjar Dinas Pujung Kelod
• Kelian Banjar Dinas Sebatu
• Kelian Banjar Dinas Tumbakasa

dan seorang Sekretaris Desa sebagai kepala kantor yang dibantu oleh 3 (tiga) orang Kepala Urusan yaitu Kepala Urusan Umum, Kepala Urusan Keuangan, Kepala Urusan Perencanaan, 3 (tiga) Kepala Seksi yaitu Kepala Seksi Pemerintahan, Kepala Seksi Pelayanan, Kepala Seksi Kesejateraan Sosial, dan 3 (tiga) Operator Aplikasi Yaitu Operator SISKEUDES, Operator PRODESKEL, Operator SIPADES.

Kelembagaan dari Pemerintahan Desa antara lain, Pemerintah Desa, BPD, LPM, PKK Desa, PKK Dusun/Banjar.

Dari sisi ekonomi antara lain Koperasi, LPD, Kelompok Usaha Kecil, Kelompok Tani, Gabungan Kelompok Tani Dan Lain-Lain.

Dari sisi pendidikan antara lain Komite Sekolah, dan Lain Lain. Dari Kesehatan Seperti Posyandu.

Dari sisi pelayanan hukum adalah Organisasi Kadarkum Desa Sebatu.

Dari sisi budaya antara lain Sanggar Seni Desa Sebatu, Sekeha Gong, Sekeha Santi, Sanggar Tari dan lain-lain.

Dari sisi sosial dan politik Seperti Karang Teruna, Sekeha Teruna, Lembaga Subak, Subak Abian, Desa Pakraman, Pakraman  Penyungsung Pura dan lain-lain .